Dự án này được UBND tỉnh Phú Thọ ra Quyết định chủ trương đầu tư từ cuối năm 2016, mục tiêu chăn nuôi lợn thịt kết hợp trồng cây ăn quả có múi, diện tích 4,6ha, vốn đầu tư 9 tỷ đồng, thực hiện dự án 49 năm. Chủ đầu tư phải thực hiện đầy đủ các thủ tục theo quy định của pháp luật, ý kiến của các cơ quan liên quan về đất đai, xây dựng, lập báo cáo đánh giá tác động môi trường và các quy định khác có liên quan trong quá trình thực hiện dự án.
Tuy nhiên, ngày 2/6/2020, Đoàn kiểm tra liên ngành huyện Cẩm Khê đã phát hiện nhiều vi phạm tại đây. Cụ thể, tại thời điểm kiểm tra, trang trại đang chăn nuôi 40.000 con gà đẻ trứng nhưng chưa có giấy phép chăn nuôi, chưa có giấy chứng nhận vệ sinh thú y, chưa có sổ theo dõi xuất nhập đàn, hoá đơn mua bán giống... Ngoài ra, Công ty chưa thực hiện theo đúng chủ trương đầu tư của UBND tỉnh phê duyệt theo Quyết định số 3778/QĐ-UBND ngày 16/12/2019 (chủ trương đầu tư của dự án là chăn nuôi lớn, tuy nhiên công ty tự ý chuyển đổi mục tiêu sang chăn nuôi gà). Công ty tự ý chuyển đổi mục đích sử dụng đất để thực hiện dự án khi chưa được cấp có thẩm quyền chấp thuận, "biến" đất rừng sản xuất sang đất sản xuất kinh doanh, chưa được phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường, xây dựng công trình không phép…
Lý giải về những vi phạm trên, theo đại diện Công ty cổ phần trang trại hữu cơ Hà Phú, do ảnh hưởng của dịch bệnh Covid nên chưa lập các hồ sơ, thủ tục sử dụng đất, đầu tư xây dựng, bảo vệ môi trường và hoạt động chăn nuôi.
Trong khi đó, ông Nguyễn Quốc Tùng - Trưởng phòng Tài nguyên và Môi trường huyện Cẩm Khê lại nói rằng không biết chủ của dự án này là ai vì đã được chuyển đổi. Về phương án xử lý vi phạm, ông Tùng cho biết sẽ có 2 nội dung, một là tháo dỡ, hai là nếu phù hợp đảm bảo yêu cầu thì có thể hoàn thiện hồ sơ. Tuy nhiên, hiện dự án này lại đang nằm trong phần diện tích của Công ty cổ phần tập đoàn FLC xin nghiên cứu quy hoạch, nên sẽ hạn chế việc hoàn thiện thủ tục và khó xử lý.