Trong vụ án xảy ra tại Công ty cổ phần Tập đoàn Thuận An, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã chỉ ra những sai phạm trong quá trình đấu thầu ở Gói thầu số 26 dự án cao tốc Tuyên Quang - Phú Thọ, đoạn qua địa bàn tỉnh Tuyên Quang.
Theo kết luận điều tra, Nguyễn Duy Hưng, nguyên Chủ tịch Tập đoàn Thuận An và Nguyễn Văn Huy (ở Tuyên Quang) có quen biết nhau từ trước. Thông qua Huy, năm 2011, Hưng quen ông Trần Viết Cương, Giám đốc Ban Quản lý dự án tỉnh Tuyên Quang (BQLDA).
Khoảng tháng 5/2021, khi có thông tin BQLDA Tuyên Quang chuẩn bị đấu thầu Gói thầu số 26 dự án Cao tốc Tuyên Quang - Phú Thọ, ông Huy đề nghị Hưng sử dụng Tập đoàn Thuận An tham gia đấu thầu thi công để cho các Đội thi công của Huy có việc làm, còn Tập đoàn Thuận An sẽ cung cấp vật tư đầu vào, quản lý chất lượng.

Bị can Hưng đồng ý và tới BQLDA gặp Trần Viết Cương, xin tham gia thi công gói thầu số 26.
Tuy nhiên, qua trao đổi về giá dự toán, Hưng cho rằng giá thấp và đề nghị nâng giá dự toán nhưng Cương không đồng ý, vì không thể điều chỉnh tăng tổng mức đầu tư.
Do đó, Nguyễn Duy Hưng có ý kiến Tập đoàn Thuận An sẽ không làm toàn bộ gói thầu 26.
Sau đó, ông Cương gọi điện mời ông Phạm Quang Hiệp, Giám đốc Công ty Hiệp Phú, và ông Nguyễn Ngọc Đình, Chủ tịch Công ty Đầu tư và xây dựng Thành Hưng (Công ty Thành Hưng), đến phòng làm việc để cùng bàn việc liên danh với Tập đoàn Thuận An thi công gói thầu số 26. Tuy nhiên, do giá thấp nên Công ty Thành Hưng từ chối.
Trong khi đó, ông Hiệp muốn có thêm đơn vị cùng tham gia liên danh cho đủ năng lực nên ông Cương giới thiệu, đề nghị Hiệp Phú và Thuận An làm việc với ông Lại Xuân Hùng, Tổng giám đốc Công ty Licogi 14, để thống nhất làm hồ sơ đấu thầu và thi công gói thầu số 26.
Kết luận điều tra thể hiện, tại buổi làm việc này, Hưng và ông Phạm Quang Hiệp đều hiểu là Trần Viết Cương đã đồng ý cho 3 công ty cùng liên danh đấu thầu để thi công.
Sau cuộc gặp, ông Cương đã chỉ đạo cấp dưới tiết lộ dự toán chi tiết gói thầu số 26 cho "nhóm Thuận An". Doanh nghiệp này cùng Công ty Hiệp Phú và Licogi 14 lập liên danh, tham gia đấu thầu.
Quá trình thầu, các bị can dùng "quân xanh, quân đỏ" thông thầu nên liên danh của Thuận An - Hiệp Phú - Licogi 14 trúng thầu giá hơn 90 tỷ đồng vào tháng 8/2021.
Sau khi liên danh của Thuận An trúng thầu, Nguyễn Duy Hưng thống nhất, đồng ý giao cho ông Nguyễn Văn Huy quản lý, điều hành 3 đội thi công, nhà thầu phụ thực hiện thi công toàn bộ phần khối lượng công việc của Tập đoàn Thuận An, nhưng phải cắt lại 14% tiền "cơ chế", gồm 5% chi phí quản lý thu trên hợp đồng, và 9% Hưng thu ngoài.
Từ thỏa thuận này, Hưng thu 4 tỷ đồng tiền ngoài hợp đồng. Ngoài ra, để có tiền chi cho chủ đầu tư, Hưng gửi giá, thu tổng hơn 5,8 tỷ đồng tiền chênh lệch giá vật liệu đầu vào của nhà cung cấp vật liệu, thi công nổ mìn.

Sau đó, Hưng chỉ đạo ông Huy lấy tiền từ Tập đoàn Thuận An, đưa cho ông Trần Viết Cương 8 tỷ đồng. Ngoài ra, kết luận điều tra cáo buộc ông Cương còn nhận thêm từ Phạm Quang Hiệp 2,5 tỷ đồng và ông Lại Xuân Hùng 2 tỷ đồng.
Tổng cộng, ông Cương nhận từ 3 nhà thầu liên danh Thuận An - Hiệp Phú - Licogi 12,5 tỷ đồng.
Do đó, Bộ Công an đề nghị truy tố Nguyễn Duy Hưng và Trần Viết Cương tội Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng. Các ông Nguyễn Văn Huy, Phạm Quang Hiệp, Lại Xuân Hùng không bị xử lý hình sự.
Quá trình điều tra, ông Hiệp thừa nhận khi liên danh cùng Thuận An đã chi 2,5 tỷ đồng cho ông Trần Viết Cương. Quá trình thi công Gói thầu số 26, doanh nghiệp Hiệp Phú của ông bị lỗ hơn 11 tỷ đồng, không được hưởng lợi gì.
Tương tự, ông Lại Xuân Hùng khai có đưa cho ông Trần Viết Cương 2 tỷ đồng sau khi liên danh trúng thầu. Sau khi thi công, Licogi 14 bị lỗ hơn 12,7 tỷ đồng, không được hưởng lợi gì.